Ethan Burke (Matt Dillon) titkosügynök egy vidéki kisvárosba, Wayward Pinesba indul, két eltűnt szövetségi ügynököt keresve. A Seattle-ben dolgozó egység oszlopos tagjaként Burke jól ismerte az egyik eltűnt ügynököt, Kate Hewsont. Kapcsolatuk ráadásul több is volt, mint egyszerű kollegiális viszony... Ethan a város közelében autóbalesetet szenved, és Wayward Pines kórházában tér magához, majd szép lassan ráébred: ez a különös városka sötét titkokat rejt.