Az Enterprise legénységének segítségével Kirk admirálisnak meg kell akadályoznia, hogy egy régi nemezis, Khan Noonien Singh az életet generáló Genesis Eszközt használja végső fegyverként. Rutinbevetésre indult az Enterprise űrhajóval James T. Kirk admirális. Könnyen lehet, hogy ez lesz az utolsó küldetése. Különösen, hogy régi ellensége, Khan meg akarja semmisíteni. Ennek érdekében csapdába akarja csalni az admirálist. Khan a génmanipulált elit harcosaival rajtaüt a Regula Egyes űrállomáson, ellopja a Genezis Projectet, a titkos űreszköz tervét. Hatalmába keríti a Föderáció egyik űrcirkálóját, és ezzel üldözőbe veszi és megtámadja az Enterprise űrhajót. Kirknek azonban sikerül eltalálnia a cirkálót. Khan újabb támadását csak Mr. Spock önfeláldozása háríthatja el.