Tíz év telt el az előző részben elbeszélt események óta. A titokzatos Dooku gróf (Christopher Lee) vezetésével naprendszerek lépnek ki a Galaktikus Köztársaságból, míg a maroknyi jedi lovag kevés ahhoz, hogy fenntartsa a békét és a rendet. Padmé Amidala (Natalie Portman) ellenzi a hadsereg felállítását, ezért megpróbálják félreállítani. A tanács testőrt rendel mellé: Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) tanítványát, az ifjú Anakin Skywalkert (Hayden Christensen) bízzák meg a feladattal. Míg ők a további támadások elől bujkálnak, Obi-Wan a merénylő után nyomoz. Egy távoli bolygón különös titkokra bukkan: egy klóngyárban olyasmi készülődik, amely eldöntheti a közelgő polgárháború kimenetelét.